Training datamanagement en computationele workflows

Datum: 25 JUN 2018 

SURFsara, ELIXIR-nl en ELIXIR organiseren deze training over hoe datamanagement gebaseerd op iRODS geïncorporeerd kan worden in computationele workflows.

Datum
25 jun 2018
Tijdstip
09:30-16:30
Locatie
SURFsara, Science Park 140, VK1/2
Voorkennis nodig?
Ja
Type onderwerp
Praktische vaardigheden
Soort bijeenkomst
Training

Door de ontwikkeling van nieuwe technologie groeit het volume van data exponentieel. Datamanagement is daarom een essentieel onderdeel van datagedreven onderzoek.  Onderzoekers en nieuwe privacywetgeving vragen om betere datamanagementtools. SURFsara is daarom bezig met de ontwikkeling van een datamanagementplatform op basis van iRODS. Deze training laat zien hoe data efficiënt beheerd kunnen worden in iRODS, hoe in iRODS beheerde data in computationele pipelines gebruikt kunnen worden en hoe de provenance van data behouden kan worden in elke stap van dit proces tussen verschillende data en compute services.

Voor wie?

Bioinformatici, computational biologists, data stewards in het veld van de life sciences. Er zijn 20 plekken beschikbaar.

Trainingsdoelen

  • leren over concepten van iRODS opslagabstractie
  • hands-on ervaring met het managen van data in iRODS
  • data sturen tussen verschillende iRODS administratieve domeinen
  • werken met metadata en hoe datasets te vinden op basis van deze metadata

Na een introductiepresentatie over iRODS is de rest van de training hands-on en wordt de stijl van Software and Data carpentry gebruikt.

Onderwerpen van de cursus

  • Data Life Cycle en FAIR principes
  • iRODS concepten
  • Metadata en zoeken van data in iRODS
  • Computationele pipelines met data beheerd in iRODS

Benodigdheden

  • basiskennis van bash en python
  • je moet kunnen verbinden via ssh via eigen laptop

This event is organised by SURFsara and ELIXIR Netherlands, and supported by ELIXIR Finland. It is organised in the framework of the ELIXIR Implementation study Using clouds and VMs for bioinformatics training.

 

Laatste wijziging op 21 jun 2018