Cluster Computing voor Life Sciences

van 23 APR 2019 tot 24 APR 2019 

Deze workshop richt zich op de basis van de Unix-shell en op het gebruik van Python in high-performance computeromgevingen om data-analysepijplijnen met Snakemake te automatiseren. Specifiek voor de Life Sciences.

Datum
23 apr 2019
Tijdstip
09:00-17:00
Locatie
SURF Utrecht
Voorkennis nodig?
Nee
Soort bijeenkomst
Workshop

Combineer bestaande programma's

De Unix-shell bestaat al langer dan de meeste gebruikers. Het is zo lang bewaard gebleven omdat het een krachtige tool is waarmee mensen met slechts een paar toetsaanslagen complexe dingen kunnen doen. Wat nog belangrijker is, het helpt hen om bestaande programma's op nieuwe manieren te combineren en repetitieve taken te automatiseren, zodat ze niet steeds dezelfde dingen typen.

Programma

Day 1      

De ochtend concentreert zich op de basis van de Unix-shell. Het gebruik van de shell is van fundamenteel belang voor het gebruik van een breed scala aan andere krachtige hulpmiddelen en computerresources (waaronder supercomputers met 'high-performance computing'). Deze lessen zullen je op weg helpen om deze middelen effectief te gebruiken. In de middag zul je die vaardigheden in de praktijk brengen. Je leert over rekenclusters, hoe je ze kunt gebruiken voor je berekeningen en wat de beste methoden zijn.
Day 2 De tweede dag richt zich op het gebruik van Python in high-performance computeromgevingen om data-analysepijplijnen met Snakemake te automatiseren (voor een gedetailleerde bespreking van waarom we Snakemake leren, zie de discussiepagina van deze les). We beginnen met de basis en behandelen alles wat je nodig hebt om te beginnen. Sommige elementen van het schrijven van prestatiegerichte code zullen worden behandeld, maar het is niet de belangrijkste focus. Er is geen vereiste kennis voor deze zelfstudie, hoewel het hebben van enige ervaring met de opdrachtregel of een rekencluster zeer nuttig zal zijn.

 

Voor wie?

De cursus is bedoeld voor studenten en andere onderzoekers, met name uit de life sciences, die willen weten hoe een supercomputer kan helpen om hun dagelijkse werk te volbrengen.

Vereisten 

Deelnemers moeten een laptop meenemen met een Mac-, Linux- of Windows-besturingssysteem (geen tablet, Chromebook, etc.).

Laatste wijziging op 18 mrt 2019