Clustercomputing voor sociale wetenschappers met R
Wil je leren hoe je met een supercomputer werkt? En hoe je jouw R-werkproces kunt omzetten van een grafische interface op je desktop naar een geautomatiseerde, script-gebaseerde workflow op een supercomputer?
- 22 nov 2024
-
Tijd9.00 tot 17.00
-
PlaatsAmsterdam Science Park VK1/VK2
Wat leer je?
In deze cursus leer je de basis van supercomputing. De dag begint met een inleiding in de architectuur van supercomputers, inclusief een hands-on sessie gericht op het uitvoeren van taken op een supercomputer.
De tweede helft van het programma richt zich op het vertalen van jouw R workflow van een GUI (Rstudio) workflow op jouw desktop naar een scripting/batch omgeving op de supercomputer. Onderwerpen die hier aan bod komen zijn onder andere: efficiënt programmeren, parallel computing, en het gebruik van de SLURM job manager om jouw job/analyse naar de supercomputer te sturen.
In deze cursus zul je:
- Praktische oefeningen doen om te leren hoe je de nationale supercomputer Snellius effectief kunt gebruiken en hoe je jouw taken met minimale inspanning in de kortst mogelijke tijd kunt voltooien.
- Ervaren hoe je hoge prestaties kunt bereiken met R door gebruik te maken van de supercomputerfaciliteiten bij SURF.
Vereisten:
- Basiskennis van Linux (Unix shell) is nuttig
- Basiskennis van R is nuttig
Je moet beschikken over:
Een eigen laptop met een up-to-date browser en een terminal emulator (Putty is prima voor gebruikers van de OSSC/CBS RA-omgeving). Het gebruik van de besturingssystemen Linux en macOS heeft de voorkeur, maar is niet verplicht. Voor Windows-gebruikers raden wij aan om MobaXterm (draagbare versie) te downloaden als terminalemulator. Als je beperkt bent in je keuze, werkt Putty ook.
De voertaal van deze training is Engels.
This event wordt georganiseerd in samenwerking met CBS, ODISSEI en het ODISSEI SoDa team.