Training

Supercomputing voor sociale wetenschappers met R

Wil je leren om met een supercomputer te werken? En hoe je jouw R-workflow vertaalt van een grafische gebruikersinterface (GUI) op je desktop naar een scripting/geautomatiseerde workflow voor een supercomputer?

Mensen op druk zebrapad
24 mei 2022
Tijd
9.00-17.00
Plaats
Online

In deze cursus leer je de basisprincipes van supercomputing. De dag begint met een introductie in de architectuur van een supercomputer, inclusief een hands-on sessie gericht op het uitvoeren van jobs op een supercomputer.

De tweede helft van het programma is gericht op het vertalen van je R workflow van een GUI (Rstudio) workflow op je desktop naar een scripting/batch-omgeving op de supercomputer. Onderwerpen die hier aan bod komen zijn: efficiënt programmeren, parallel computing, en gebruik maken van de SLURM job manager om jouw job/analyse naar de supercomputer te sturen.

In deze cursus ga je:

  • Praktijkoefeningen doen om te leren hoe je het nationale rekencluster Lisa en de nationale supercomputer effectief kunt gebruiken, en hoe je jouw taken met minimale inspanning in de kortst mogelijke tijd kunt uitvoeren.
  • Ervaren hoe je hoge prestaties kunt bereiken met R door gebruik te maken van de supercomputingfaciliteiten van SURF.

Vereisten:

  • Basiskennis van Linux (Unix shell) is nuttig
  • Basiskennis van R is nuttig

Je moet beschikken over:

Een eigen laptop met een up-to-date browser en een terminal emulator (Putty voor gebruikers van de OSSC/CBS RA omgeving). Het gebruik van de besturingssystemen Linux en macOS heeft de voorkeur, maar is niet verplicht. Voor Windowsgebruikers raden we aan om MobaXterm (portable versie) te downloaden als terminal emulator. Als je beperkt bent in je keuze werkt Putty ook.

Dankbetuiging

Deze cursus is gesponsord door het ODISSEI-project (met de hulp van Erik-Jan van Kesteren van de Universiteit Utrecht) en het EuroCC-project.