Workshop

Workshop Cluster Computing voor Life Sciences

Leer tijdens de workshop hoe de supercomputer je in je dagelijks werk kan helpen. Je gaat aan de slag met de tool Unix-Shell en we vertellen je meer over het gebruik van Python in high-performance computeromgevingen om data-analysepijplijnen met Snakemake te automatiseren.

 

Verschillende iconen met focus op icoon workshop
23 — 24 apr 2019
Tijd
09.00 tot 17.00 uur
Plaats
SURF-kantoor, Utrecht

Combineer bestaande programma's

De Unix-shell bestaat al langer dan de meeste gebruikers. Het is zo lang bewaard gebleven, omdat het een krachtige tool is waarmee mensen met slechts een paar toetsaanslagen complexe dingen kunnen doen. Wat nog belangrijker is, het helpt hen om bestaande programma's op nieuwe manieren te combineren en repetitieve taken te automatiseren, zodat ze niet steeds dezelfde dingen typen.

Voor wie?

Deze workshop is relevant voor  studenten en/of onderzoekers, met name uit de life sciences.

Programma

Dag 1

De ochtend concentreert zich op de basis van de Unix-shell. Het gebruik van de shell is van fundamenteel belang voor het gebruik van een breed scala aan andere krachtige hulpmiddelen en computerresources (waaronder supercomputers met 'high-performance computing'). Deze lessen helpen je op weg helpen om deze middelen effectief te gebruiken. In de middag breng je die vaardigheden in de praktijk brengen. Je leert over rekenclusters, hoe je ze kunt gebruiken voor je berekeningen en wat de beste methoden zijn.

Dag 2

De tweede dag richt zich op het gebruik van Python in high-performance computeromgevingen om data-analysepijplijnen met Snakemake te automatiseren (voor een gedetailleerde bespreking van waarom we Snakemake leren, zie de discussiepagina van deze les). We beginnen met de basis en behandelen alles wat je nodig hebt om te beginnen. Sommige elementen van het schrijven van prestatiegerichte code  worden behandeld, maar het is niet de belangrijkste focus. Er is geen vereiste kennis voor deze zelfstudie, hoewel het hebben van enige ervaring met de opdrachtregel of een rekencluster zeer nuttig zal zijn.

 

Vereisten 

Neem je eigen laptop mee, met een Mac-, Linux- of Windows-besturingssysteem (geen tablet, Chromebook, etc.).

Inschrijven en annuleren