Life Science Grid

Het Life Science Grid is een netwerk van computerclusters speciaal voor onderzoekers binnen de levenswetenschappen. Bij onderzoeksinstellingen in Nederland staat een cluster dat ingebed is in de (inter)nationale grid-infrastructuur. Onderzoekers kunnen daarmee opschalen naar meer rekenkracht en data uitwisselen met partners op andere instellingen.

Cluster op locatie

Het Life Science Grid (LSG) bestaat uit een tiental computerclusters. Elke deelnemende instelling beschikt over een computercluster op locatie, waarvan SURFsara het beheer uitvoert. De instelling kan dit cluster lokaal gebruiken voor data-analyse of rekenwerk van relatief beperkte omvang. Clusters zijn beschikbaar op de volgende locaties: Amsterdam (AMC, VU), Nijmegen (Radboud Universiteit), Wageningen (WUR), Leiden (LUMC), Maastricht (UM), Groningen (RUG), Delft (TU), Utrecht (BCBR) en Rotterdam (Erasmus MC).

Opschalen via grid-infrastructuur

Via de grid-infrastructuur kunnen de instellingen in het geval van grotere analyses opschalen naar meer rekenkracht of opslagcapaciteit. Alle LSG-clusters vormen namelijk 1 geheel dankzij de grid-infrastructuur. Grid-middleware maakt het mogelijk om analyses gedistribueerd uit te voeren. Bij nog omvangrijkere analyses kunnen onderzoekers opschalen naar de volledige Nederlandse grid-infrastructuur of zelfs naar de Europese grid-infrastructuur.

Eenvoudige samenwerking

Het LSG vereenvoudigt en verrijkt de mogelijkheden tot samenwerking. Onderzoekers kunnen hun data en applicaties niet alleen delen met collega’s binnen hun directe werkomgeving, maar ook met samenwerkingspartners bij andere instellingen. Dat is niet altijd triviaal binnen de sterk beveiligde ziekenhuisomgevingen. Waar nodig kan men de eigen data uiteraard ook binnen de eigen instellingsmuren houden.

Ambassadeur en technisch aanspreekpunt

Het LSG is van en voor de instellingen die ermee werken. Dit komt ook tot uiting in de organisatie eromheen. Op elke locatie is een contactpersoon aanwezig die als ambassadeur optreedt. Deze ambassadeur heeft vooral de rol het gebruik van het LSG te stimuleren en de bekendheid hierover te vergroten. Daarnaast streeft SURFsara ernaar dat bij elke instelling een technisch aanspreekpunt aanwezig is, onder andere om nieuwe lokale gebruikers de nodige ondersteuning te geven.

Eigenschappen van het LSG

Het LSG biedt onderzoekers binnen de levenswetenschappen de volgende faciliteiten:

  • Een lokaal cluster voor computing en data-analyse;
  • Lokale opslag voor grote datasets (tijdelijke opslag voor input- en outputdata);
  • De mogelijkheid op te schalen naar centrale clusters voor snelle verwerking;
  • Toegang tot schaalbare faciliteiten voor grid-opslag op disk en tape;
  • Professioneel beheer en administratie door SURFsara.

Ondersteuning

Elke LSG-gebruiker kan een beroep doen op onze ondersteuning. SURFsara zorgt voor toegang en helpt bij eventuele problemen. Nieuwe gebruikers helpen we op weg met hun productieruns. Daarbij hoort ook dat gebruikers leren hoe ze hun applicaties geschikt kunnen maken voor gebruik op het LSG en hoe om te gaan met schaalvergroting. Daarnaast zijn er online handleidingen beschikbaar.

Helpdesk

Onze helpdesk is bereikbaar per telefoon of e-mail. Ook kunt u een afspraak maken met een van onze medewerkers. U kunt uw vragen of problemen doorgeven via helpdesk@surfsara.nl of telefonisch op +31-208001400. De helpdesk is bereikbaar tijdens kantooruren (9.00–17.00 uur).

Wilt u specifiek advies over bijvoorbeeld het porten van uw applicatie op het LSG? Dan kunt u terecht bij onze consultancydienst.

Voor wie?

Het LSG brengt rekencapaciteit binnen het bereik van de levenswetenschappen (life sciences) aan Nederlandse onderzoeksinstellingen. Daarbij gaat het om onderzoek op het gebied van bijvoorbeeld de bio-informatica, genoomanalyse, bio-banking en medische data. Veel onderzoek binnen de levenswetenschappen is onderworpen aan strenge privacyrichtlijnen. Een voorbeeld uit de praktijk is het hersenonderzoek van Biomedical Imaging Group Rotterdam (Erasmus MC).

Contact

Wilt u meer informatie? Neem dan contact met ons op via info@surfsara.nl.

Laatste wijziging op 01 jul 2015