Studenten bio-informatica oefenen met echte data

De biologiestudenten van Avans worden opgeleid in het natte lab. Maar het droge lab wordt steeds belangrijker: big data analytics. Om ze daarmee op een heel realistische manier kennis te laten maken, gebruikt Avans als eerste hogeschool SURFsara’s rekencluster Lisa. Docent Miaomiao Zhou geeft uitleg.

Onderzoeker die twee buisjes met gekleurde vloeistof omhoog houdt in lab

Waarom moeten studenten biologie leren omgaan met big data en computing?

“Next-generation DNA sequencing bestaat nu ongeveer tien jaar. In die periode zijn de kosten drastisch verlaagd en is de achterliggende technologie veel sneller geworden. Reden waarom ziekenhuizen volop vragen om bio-informatici. Die werden tot voor kort alleen opgeleid aan universiteiten, maar er is juist ook vraag naar hbo’ers. Natuurlijk heb je bio-informatici nodig die in staat zijn om complexe modellen te ontwikkelen, maar je hebt ook professionals nodig die in  staat zijn deze nieuwe technologie in het lab te gebruiken. Dat is wat wij onze studenten leren.”

Wat was het probleem met de bestaande lesmethode?

“Tot voor kort werd de minor bio-informatica gegeven door docenten informatica. Ze doceerden programmeren in Java en SQL en gebruikten gesimuleerde data. Die wereld staat heel ver van biologiestudenten af. En zoals gezegd: de arbeidsmarkt heeft ook behoefte aan mensen die big data analytics kunnen toepassen. Daarom hebben wij een nieuw lesprogramma opgezet waarbij onze studenten leren hoe zij analyses kunnen maken van grote datasets die zij zelf hebben geproduceerd in het natte lab. Ze krijgen daarmee een goede indruk van de praktijk.”

Waarom zijn jullie in zee gegaan met SURFsara?

“Ik werk al tien jaar met hen samen en heb veel ervaring met Lisa. We hebben heel even overwogen om een eigen server te kopen, maar zowel de eenmalige investering als de beheerkosten van zo’n oplossing zijn hoog. Je kunt ook Amazon Web Services gebruiken, maar ook dan betaal je meer en heb je nog altijd een halve fte nodig voor beheer. Bij SURFsara nemen we Lisa af als dienst, we hoeven zelf geen beheer te doen. Bovendien past het binnen de missie van SURFsara om het onderwijs vooruit te helpen, zij stellen zich op als partner. Zo geven ze bijvoorbeeld ook gastcolleges waarin ze onze studenten vertellen over de gebruikte technologie. Op die manier leren studenten niet alleen hoe ze zelf analyses kunnen doen op bigdatasets, ook doen ze kennis op van de achterliggende principes. Ze worden daardoor een volwaardige gesprekspartner voor informatici en ze kunnen de brug slaan tussen het natte en het droge lab.”

Jullie zijn begonnen met een pilot. Krijgt deze een vervolg?

“Zeker! We hebben gemerkt dat de eerste lessen best moeilijk waren, studenten hadden veel koudwatervrees. Ze hadden ook geen van allen ervaring met remote computing. Maar op een gegeven moment krijgen ze het trucje door en dan barsten ze van het enthousiasme. Deze manier van lesgeven prikkelt hun nieuwsgierigheid en leergierigheid. Bovendien zijn wij ervan overtuigd dat de praktijkervaring die ze hier opdoen goed staat op hun cv.”

‘Laten we samen het wiel uitvinden’

Avans is de enige hogeschool die rekencluster Lisa gebruikt in haar onderwijs. Zhou wil graag samen optrekken met de drie andere hogescholen die bio-informatica aanbieden. “Universiteiten zijn al meer gewend om samen te werken. Bij hogescholen gebeurt dit nauwelijks, terwijl je samen zoveel meer snelheid kunt maken. Laten we niet afzonderlijk van elkaar het wiel uitvinden, maar samenwerken aan een vliegwiel dat nog meer snelheid kan maken!”

Tekst: Marjolein van Trigt

Dit artikel is verschenen in SURF Magazine 2017-03