Use case: verwerking van genendatasets met Lisa en Cartesius

Veel sociaal-economische kenmerken van mensen, zoals hun arbeidsmarktpositie en opleidingsniveau, zijn deels erfelijk bepaald. De geno-economie brengt de relatie tussen genetische variatie en economische voorkeuren en uitkomsten in kaart. De onderzoekers gebruiken de rekensystemen van SURFsara om de grote genetische datasets te verwerken.

Close-up van Cartesius super computer

Ondernemerschapsgenen

Niels Rietveld, docent aan de vakgroep Toegepaste Economie (Erasmus School of Economics) doet onderzoek naar genetische varianten die samenhangen met economische keuzes en uitkomsten. Zijn onderzoek is begonnen met een speurtocht naar ‘ondernemerschapsgenen’: “Mijn promotor had bedacht dat er misschien bepaalde genetische varianten zouden samenhangen met ondernemend gedrag. Op basis van dat idee is in 2007 in samenwerking met het Erasmus Medisch Centrum een onderzoek gestart. Daar ben ik op aangehaakt. Eerst was dat onderzoek gericht op ondernemerschap, maar de focus is al vrij snel verbreed tot sociaal-economisch gedrag in algemene zin.”

Erfelijkheidsonderzoek

Onderzoek naar de relatie tussen erfelijkheid en sociaal-economische uitkomsten is al ongeveer 40 jaar oud. Daarbij werd vooral gebruikgemaakt van tweelingenonderzoek. “Daaruit is gebleken dat veel van die uitkomsten erfelijk zijn”, zegt Rietveld. “Dat is niet alleen aangetoond voor ondernemerschap, maar ook voor bijvoorbeeld opleidingsniveau, inkomen en economische voorkeuren zoals risicoaversie.” Zo laat een studie uit die begintijd zien dat ongeveer 40 procent van de verschillen in opleidingsniveau van Amerikaanse mannen verklaard kan worden door genetische verschillen.

Genetisch associatieonderzoek

Rietveld werkt met een groep onderzoekers uit verschillende disciplines samen aan een aantal grootschalige genetische associatieonderzoeken: “Die gaan over opleidingsniveau, subjectief welbevinden en risicovoorkeuren. Dat zijn drie grote projecten. We hebben 2 jaar geleden gepubliceerd over 3 genetische varianten die samenhangen met het opleidingsniveau van mensen. We doen nu een vervolgstudie waarin we meer varianten onderzoeken.” Ook het project over subjectief welbevinden is al ver. Het project over risicovoorkeuren staat nog in de kinderschoenen.

Rek met buisjes

Foto: Arden Tissue Bank

Meta-analyses

Rietveld en zijn collega’s hebben toegang tot een aantal datasets met genetische informatie, maar ze maken ook veel gebruik van meta-analysetechnieken. “Er zijn veel onderzoekscentra met een dataset met genetische informatie”, zegt Rietveld. “Maar ze mogen de genetische data niet altijd met ons delen. We vragen die centra bepaalde analyses uit te voeren op basis van een analyseplan dat wij opstellen. Zij sturen ons de resultaten en daarmee voeren wij een meta-analyse uit.”

Lisa en Cartesius

Voor hun eigen medewerkers maken de onderzoekers gebruik van de rekensystemen van SURFsara. Ze maken al jaren gebruik van Lisa, maar sinds vorig jaar ook van Cartesius, aldus Rietveld: “We hebben vorig jaar toegang gekregen tot een grote dataset, de UK Biobank. Op het moment gaat het om gegevens van 150.000 individuen, maar dat loopt op tot 500.000. Daarmee lopen we tegen de limiet van Lisa aan, dus we zijn nu bezig met de transitie naar Cartesius.”

Samenwerking SURFsara

Over de samenwerking met SURFsara is Rietveld te spreken: “Die bevalt heel goed, ze geven ons veel support. De toegang tot de servers, voor ons heel belangrijk, verloopt heel soepel. We gebruiken naast Lisa en Cartesius ook het BeeHub-cluster om bestanden met elkaar te delen. De medewerkers zijn gemakkelijk benaderbaar, de lijntjes zijn kort en voor elk probleem zoeken ze een oplossing.”

“De samenwerking met SURFsara bevalt heel goed. De medewerkers zijn gemakkelijk benaderbaar, de lijntjes zijn kort en voor elk probleem zoeken ze een oplossing.”
Niels Rietveld, docent aan de vakgroep Toegepaste Economie (Erasmus School of Economics)