Julián López Gordillo
Praktijkverhaal
Onderzoeksorganisatie als biosysteem
Naturalis brengt met RAiD’s zichzelf in kaart
Naturalis Biodiversity Center wil meer zicht op haar onderzoekswerk. De oplossing: research activity identifiers, ofwel RAiD’s. Dataspecialist Julián López Gordillo legt uit wat dat met zich meebrengt. “Het was alsof we een enorme steen in de vijver gooiden.”
In het kort
Wie: Julián López Gordillo
Functie: dataspecialist
Organisatie: Naturalis Biodiversity Center
Dienst: Research Activity Identifier (RAiD)
Uitdaging: het hele traject van een onderzoeksactiviteit gestructureerd in kaart brengen
Oplossing: RAiD’s brengen PID’s samen en geven zo een totaalplaatje van al je onderzoeksactiviteiten
Het is 2024 als dataspecialist Julián López Gordillo namens Naturalis meedoet aan het Horizon Europe-project FAIR-IMPACT om te leren hoe hij meer FAIR-datapraktijken in zijn werk kan toepassen. “Al doende kregen we steeds meer behoefte aan een systematiek om research-activiteiten in kaart te brengen. En toen vertelden ze ons dat SURF bezig is om zo’n systematiek voor Europa te ontwikkelen, op basis van RAiD’s.”
RAiD’s zijn een vorm van ‘persistent identifiers’ (PID’s): cijfer- of lettercodes die bedoeld zijn als een blijvend werkende verwijzing naar bijvoorbeeld een publicatie, een onderzoeker of een organisatie. PID’s kunnen gebruikt worden in literatuurlijsten, maar ook in geautomatiseerde systemen.
Er is iets bijzonders aan RAiD’s: ze zijn vooral nuttig wanneer ze gebruikt worden in combinatie met andere PID’s, door ze aan elkaar te koppelen. Zo kun je de opzet en resultaten van een onderzoeksproject nauwkeurig weergeven. Door het gebruik van verwijzingen blijft de informatie steeds actueel.
Het contact met SURF was snel gelegd. Julián: “In onze kennismakingsgesprekken ontdekten we hoeveel use cases voor RAiD’s we hadden bij Naturalis. Voor onze pilot kozen we er uiteindelijk één die de diversiteit van ons werk goed weergeeft.”
De gekozen pilot was het volgen van de laboratoriumanalyses van fysieke monsters als research-activiteiten. Er komen steeds meer van zulke monsteranalyses dankzij projecten zoals eDentity, een van de belangrijkste programma’s van Naturalis. Het doel ervan is de Nederlandse natuur in kaart te brengen, op basis van geautomatiseerde DNA-scans: van welke levensvormen vind je sporen in een buisje met aarde of oppervlaktewater?
In de eerste stap van het ontwerp van de use case wordt de monsteranalyse geregistreerd met een eigen RAiD. In de tweede stap wordt materiaal verzameld in het veld door medewerkers van Naturalis of een externe organisatie, en geregistreerd. Stap 3 is analyse in het lab. Dat levert ruwe data op voor de database (stap 4), die worden verwerkt in halffabrikaten zoals grafieken (stap 5). De laatste stap is de publicatie, die inclusief gebruikte code en datasets in een externe repository belandt.
“Voor die verschillende stappen hebben we bij Naturalis allerlei identifiers”, legt Julián uit. “Er werken immers verschillende mensen aan met verschillende systemen. Met RAiD’s willen we eindelijk het totaalplaatje in beeld krijgen. Zodat we altijd precies weten waar onze data op gebaseerd zijn.”
Dat doel is met de pilot een stuk dichterbij gekomen. “Dankzij de workshops die SURF met ons hield, konden we niet alleen een schema opstellen voor de metadata, maar ook beginnen met het bouwen van softwarekoppelingen. Want uiteindelijk willen we RAiD’s integreren in onze systemen.”
Afbeelding: In stap 1 wordt de expeditie opgezet als project met een eigen RAiD. In stap 2 wordt materiaal verzameld in het veld en geregistreerd. Stap 3 is analyse in het lab. Dat levert ruwe data op voor de database (stap 4), die worden verwerkt in halffabrikaten zoals grafieken (stap 5). De laatste stap is de publicatie, die inclusief gebruikte code en datasets in een externe repository komt.
Monsteranalyses worden steeds talrijker dankzij projecten zoals eDentity, dat de Nederlandse natuur in kaart brengt op basis van geautomatiseerde DNA-scans: van welke levensvormen vind je sporen in een buisje met aarde of oppervlaktewater?
Discussie over de definitie van onderzoek
Julián: “Het is een groot voordeel dat we als onderzoeksorganisatie sowieso al werken met diensten van SURF. Dat maakt de drempel laag wanneer RAiD straks een van die diensten wordt.”
Wat hem verraste, was hoeveel het onderwerp RAiD oprakelde. “Het was alsof we een enorme steen in de vijver gooiden. We merkten hoe alles met alles te maken heeft, en dus met iedereen.”
Naturalis heeft een Architectuurforum, waarin ook het management vertegenwoordigd is. De pilot leidde daar tot goede discussies. Bijvoorbeeld over de vraag wat een researchactiviteit eigenlijk is. Julián legt uit: “Je kunt denken aan een project, zoals een promotieonderzoek. Maar als je een bodemmonster onderzoekt met een machine, is dat dan ook niet een activiteit die op zichzelf relevant is om te registreren? En zo kun je aan veel meer voorbeelden denken, van researchactiviteiten die nog meer researchactiviteiten bevatten. Dan begint onderzoek te lijken op een fractal, een figuur waarin vormen zich op elke schaal herhalen.”
“Net als de natuur is Naturalis een systeem van systemen. Met RAiD’s kunnen we de samenhang zien.”
Biosystemen onderzoeken
Waar je de grens ook legt, RAiD’s zijn bijzonder handig om structuur aan te brengen. Dat is ook nodig voor de Naturalis Research Infrastructure, waarin de instelling veel van haar technische mogelijkheden rondom researchactiviteiten wil harmoniseren.
Die uitdaging is eigenlijk niet zo veel anders, filosofeert Julián, dan de missie van Naturalis om biosystemen te onderzoeken en hun werking te beschrijven. “We moeten weten waar onze data vandaan komt, wat ermee gebeurt, waar we het kunnen vinden, wat het nut ervan is. Net als de natuur is Naturalis een systeem van systemen. Met RAiD’s kunnen we de samenhang zien.”
Tekst: Aad van de Wijngaart
Over Research Activity Identifier (RAiD)
Het beheren van je onderzoek kan ingewikkeld en tijdrovend worden wanneer bronnen verspreid zijn over verschillende systemen. Research Activity Identifier (RAiD), de permanente identificatiecode voor onderzoeksprojecten, helpt je om je informatie over bronnen, financiering en medewerkers up-to-date en met elkaar verbonden te houden.