Lisa Rekencluster: extra rekenkracht voor onderzoek

Loop je bij je onderzoek tegen de grenzen van je eigen systeem aan? Met het Lisa Rekencluster schaal je eenvoudig op naar een hoger niveau. Het Lisa Rekencluster combineert rekenkracht met gebruiksgemak. Het is al ingericht met een scala aan softwarepakketten, zodat je meteen aan de slag kunt.

Kabels uit supercomputer

Het Lisa Rekencluster biedt extra rekenkracht

Het Lisa Rekencluster is een centraal beheerd Linux-cluster, dat bij uitstek geschikt is voor grootschalige berekeningen. Je kunt je een clustercomputer voorstellen als een verzameling van gewone computers (ook wel nodes genoemd), die met elkaar zijn verbonden via netwerkkabels. Elke node heeft zijn eigen processor, geheugen en schijfruimte. Daarnaast hebben ze over het algemeen toegang tot een gedeeld bestandssysteem.

Op een clustercomputer kun je honderden computertaken tegelijkertijd uitvoeren. Lisa omvat een uitgebreide verzameling hulpmiddelen en compilers. Geavanceerde software zoals R statistics en MATLAB is al geïnstalleerd op het Lisa Rekencluster. Lisa is verder uitgerust met diverse software-libraries, zoals de Math Kernel Library (MKL) van Intel. We passen onze diensten voortdurend aan de behoeften van de gebruikersgemeenschap aan. Zo beschikt het Lisa Rekencluster over accelerators (zeer snelle processors) en high memory nodes (voor gebruikers die extra geheugen nodig hebben).

Praktijkvoorbeelden Lisa Rekencluster

Veel onderzoeksprojecten lopen tegen hun grenzen aan als het gaat om de hoeveelheid te verwerken data en de benodigde rekenkracht. Dat geldt voor onderzoekers bij universiteiten en academische ziekenhuizen, maar ook bedrijven die onderzoek doen waarbij veel rekenkracht nodig is.

Voor zulke projecten biedt de kracht van Lisa Rekencluster de oplossing. Hieronder zie je een aantal voorbeelden van onderzoeksprojecten waarbij de capaciteit van Lisa succesvol is ingezet:

Maatwerk

We zorgen ervoor dat het Lisa Rekencluster aan je wensen voldoet. Heb je specifieke eisen waarin het Lisa Rekencluster (nog) niet voorziet? Dan maken we het systeem op maat voor je. Het Lisa Rekencluster biedt standaard 200 GB opslagruimte in je persoonlijke directory. Is dat niet voldoende? Dan breiden we op verzoek de opslagruimte en eventuele bijbehorende back-up voor je uit.

Een eigen werkomgeving

Als aanvullende dienst kun je gebruik maken van een workspace. Dat is je eigen werkomgeving bij het Lisa Rekencluster. Hiermee krijg je bijvoorbeeld extra opslag of kun je applicaties gebruiken met een interactieve interface. Zo kun je je berekeningen vanuit de workspace opschalen naar het Lisa Rekencluster als je meer rekenkracht nodig hebt.

Ondersteuning

Heb je ondersteuning nodig? Je kunt altijd een beroep doen op onze expertise. We helpen je bijvoorbeeld je eigen software of algoritme te draaien. Ons team installeert ook speciale softwarepakketten voor je. Ze helpen je bovendien je software te parallelliseren, zodat die geschikt is om parallel te draaien op meerdere nodes of cores. Kortom, we helpen je het Lisa Rekencluster optimaal te gebruiken. Daarnaast kun je online handleidingen raadplegen met onder andere suggesties voor een betere performance. Of volg een van onze trainingen.

Helpdesk

Heb je vragen of problemen? Je kunt onze helpdesk bereiken per telefoon op 020-8001400 of e-mail via helpdesk@surfsara.nl. Of maak een afspraak met een van onze adviseurs. De helpdesk is bereikbaar tijdens kantooruren (9.00-17.00 uur).

Wil je specifiek advies over het optimaliseren van je code voor een betere performance? Dan kun je terecht bij onze consultancydienst.

Meer informatie en contact

Meer (technische) informatie over het gebruik van het Lisa Rekencluster vind je onder de gebruikersinformatie van het systeem Lisa. Zoek je een printbare versie van de dienstbeschrijving? Download dan deze Engelse dienstbeschrijving (pdf). Neem voor verdere vragen contact met ons op via info@surfsara.nl.

Het Lisa Rekencluster is onderdeel van het kernpakket van SURFsara.

Aanvullende diensten

Onderzoeksdata opslaan

De HPC Cloud is verbonden met het centrale archief van SURFsara. Wil je je data veilig en langdurig opslaan? Maak dan gebruik van onze Data Archive-dienst. 

Visualisatie: resultaten direct inzichtelijk

Wil je inzicht krijgen in grote hoeveelheden data door ze visueel weer te geven? Maak dan gebruik van onze visualisatietechnieken en –ondersteuning

Consultancy

Onze adviseurs geven je graag advies over het verbeteren van je performance op Cartesius. Zij kunnen je bijvoorbeeld helpen met het optimaliseren van je applicaties en het parallelliseren van je software voor een snellere verwerking. Afhankelijk van de omvang en de complexiteit van je vraag kunnen onze consultants je een voorstel op maat doen.

Applicatieondersteuning

Applicatieondersteuning voor als je Cartesius of Lisa gebruikt, blijkt heel nuttig bij het optimaliseren en parallelliseren van je toepassingen. Door de prestaties te verbeteren doe je meer wetenschap met dezelfde hoeveelheid core-uren. 

Technische specificaties

Een overzicht van de technische specificaties van het Lisa Rekencluster (mei 2018).

CPU-nodes

Totaal aantal cores 7484
Totaal geheugen 26 Tb
Totale peak performance 149 TFlop/sec
Schijfruimte 400 Tb
Besturingssysteem Debian Linux
Mellanox InfiniBand network
FDR: 56 Gbit/sec
Latency FDR: 1.3 µsec

GPU-nodes

Totaal aantal cores 276
Totaal geheugen 5,9 Tb
Totale peak performance (SP) 1.026 TFlop/sec
Totale peak performance (DP) 32 TFlop/sec
Schijfruimte 400 TB
Besturingssysteem Debian Linux
Interconnect 40 Gbit/s ethernet

 We doen regelmatig updates en uitbreidingen aan het rekencluster. De volledige en actuele beschrijving van de configuratie vind je op onze gebruikerswebsite Userinfo.surfsara.nl.

Heb je vragen over de technische specificaties? Neem dan contact op met helpdesk@surfsara.nl.